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有限合伙企业因承担更少税负，具备灵活的责任承担机制及利益分配机制等优势，在投资实践中得到较多应用，主要有两类：

一是风险投资企业（以下简称为“风投企业”），以股权投资为经营业务，主要分为天使投资企业、创业投资企业、私募股权投资企业。三类风投企业共同特征在于，先与投资人成立有限合伙企业，然后入股被投资企业，待到一定阶段有限合伙企业以股权转让的方式实现退出。

二是持股平台，主要有高管及员工持股平台、家族持股平台。共同特征在于，以被激励员工或家族成员为主体成立有限合伙企业，然后入股目标公司。借助持股平台，被激励员工或家族成员可间接持股进而享受公司收益。

以上投资实践中，不管是风投企业或持股平台，其投资人或持股人以转让所持股权实现退出时，都会重点关注股转引发的纳税义务。依据“先分后税”原则，有限合伙企业自身不纳税，而是穿透到具体合伙人来承担纳税义务。其中，法人或其他组织的合伙人依法缴纳25%企业所得税，自然人合伙人缴纳个人所得税。但就自然人合伙人股权转让所得应税税率（以下简称“自然人股转税率”），立法上一直没有定论。

本文以时间线的方式展开，从立法层面梳理自然人股转税率规定的历史发展，并简析在不同投资实践中自然人股转税率的适用。

一、2014年之前，股权转让所得视为财产转让所得，应税税率为20%

根据1999年《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称“个人所得税法”）及实施条例规定，股权转让所得视为财产转让所得，适用20%应税税率。直到2000年，财政部、税务总局联合印发“财税〔2000〕91号”文件，将财产转让所得认定为生产经营所得的其中一类，据此自然人股转税率应适用5%-35%超额累进税率，这与当时的《个人所得税法》及实施条例是相违背的。