通常情况下不建议清洗气相色谱仪色谱柱，除非严重污染，经老化效果不明显情况下可以对键合交联固定相的毛细管色谱柱进行。清洗色谱柱可采用色谱柱冲洗装置把溶剂注入色谱柱，该装置接有一个有压力的气源上（氦气或氮气），并把色谱柱插到冲洗装置中，把溶剂加入样品瓶里，往溶剂瓶中施加压力，把溶剂压到毛细管色谱柱里，残留物溶解到溶剂中，然后用溶剂把它反吹出色谱柱，再用容积吹扫色谱柱，并把色谱柱进行适当的老化处理。
在冲洗色谱柱之前，把它切去半米（即靠近进样口一端），把连接检测器的一端插入溶剂冲洗装置，常使用多种溶剂冲洗色谱柱，后面继续使用的溶剂必须要和前一种溶剂互溶，一定不要使用高沸点溶剂，特别是zui后使用的溶剂，溶解样品的溶剂常常是的选择。
决多数情况下建议使用甲醇、二氯甲烷和己烷。丙酮是二氯甲烷的代替品（在避免使用含氯溶剂时），但是二氯甲烷是一种的冲洗溶剂，如果注射的是水性样品（如生物液体和组织），在使用甲醇以前要用水来冲洗，一些源于水性样品的残留物只能溶解在水中而不溶于有机溶剂。应当使用水和醇类（如甲醇、乙醇和异丙醇）冲洗键和聚乙二醇为基的固定相，只作为zui后使用的溶剂。