1．检查稳压器电源，打开电源，稳定5分钟。
2．打开储液箱，倒掉废液,
并在废液桶中加入400ml漂白水原液。打开压力阀，取出鞘液桶，将鞘液桶加至4/5满(一般可用三蒸水，做分选必须用pbs或facsflow)，合上压力阀。确实盖紧桶盖，检查所有管路是否妥善安置。
3．将facscalibur开关打开，此时仪器功能控制钮的显示应是standby，预热5－10分钟。排出过滤器内的气泡。
4．如果需要打印，打开打印机电源。
5．打开电脑,等待屏幕显示出标准的苹果标志。
6．执行仪器prime功能一次，以排除flow cell中的气泡。
7．分析样品时，先用facaflow 或pbs进行high run约2分钟。
做过分选后，每次开机后需冲洗管道：向分选装置上装上两个50ml离心管，不接通浓缩系统，摁下右下角白色按钮开始冲洗。待自动停止
后接通浓缩装置，同上法冲洗一次。
二．预设获取模式文件(acquisition template files)
1．从苹果标志中选择cellquest见一个新视窗，可利用此视窗编辑一个获取模式文件。
2．选取屏幕左列绘图工具中的dot plot，绘出一个或多个dot plots(点图)。从dotplot对话框中选取acquisition作为图形资料来源，并确定适当的x轴和y轴参数。
3．选取屏幕左列绘图工具中的histogram，同上法可绘出histogram(直方图)。
4．将此视窗命名后储存于facstation g3\bd applications \cellquest folder\exp文件夹中，下次进行相同实验时可直接调用。
本计算机中已设定两个模式文件：acq和exp，储存于facstation g3\bd applications \cellquest\exp文件夹中，acq用于细胞dna检测，exp用于细胞表面标志分析。
三．用cellquest进行仪器的设定和调整
1．从苹果画面中选取cellquest，进入cellquest后在file指令栏中打开合适的获取模式文件。
2．从屏幕上方acquire指令栏中，选取connect to cytometer(快捷键： ＋b)进行电脑和仪器的连机。将出现的acquisitoncontrol对话框移至合适位置。
3．从cytometer指令栏中，开启detectors/amps、threshold、compensation、status等四个对话框，并将它们移至屏幕右方，以便获取数据时随时调整获取条件。也可以用+1，2，3，4获得此四个对话框。
4．在detectors/amps对话框中，先为每个参数选择适当的倍增模式(amplifiermode)：线性模式lin或对数模式log。一般进行细胞表面抗原分析如分析外周血的淋巴细胞亚群时，fsc和ssc多以线性模式lin测量，且ddmparam选择fl2，而fl1,fl2与fl3则以对数模式log测量；分析细胞dna含量时，fsc，ssc，fl1，fl2，fl3皆以lin进行测量，且ddmparam选择fl2；分析血小板表型时，fsc，ssc，fl1，fl2，fl3等均以log进行测量。
5．放上待检测的样品，将流式细胞仪设定于run，流速可在high 或low上。
6．在acquisiton
control对话框中，选取acquire，开始获取细胞。在以下的仪器调整过程中随时选取pause，restart以观察调整效果。未*调整好之前不要去掉setup前的“”。
7．在detectors/amps对话框中，调整fsc和ssc探测器中的信号倍增度：pmt voltages(粗调)与ampgains(细调)，使样品信号出现在fsc-ssc点图内,且三群细胞合理分布。
8．在threshold
对话框中选择适当的参数设定threshold，并调整threshold的高低，以减少噪音信号(细胞碎片)。一般做细胞表型时用fsc－h而做dna时用fl2－h。threshold并不影响检测器对信号的获取，但可改善画面质量。
9．从屏幕左列绘图工具中选取region(区域)，并在靶细胞周围设定区域线，即通常所说的门。圈定合适的细胞群可使仪器调整更为容易。
10．detectors/amps对话框中，调整荧光检测器(fl1, fl2, fl3,fl4等)的倍增程度。根据所用的荧光阴性对照样品调整细胞群，使之分布在正确的区域内。
11．在compensation对话框中，根据所用的调补偿用标准荧光样品调整双色(或多色)荧光染色所需的荧光补偿。比如应该为fl1+ fl2-
的细胞群却分布在fl1＋ fl2＋区域内，则需调大fl2－？％fl1中的“？”，并从fl1-fl2点图中观察新的调整是否恰当
12．在status对话框中可见：laser power:正常值—run/ready为14.7mw，standby为5mw；lasercurrent:正常值为6amps左右。
13．调整好的仪器设定可在instrument settings对话框中储存，下次进行相同实验时可调出使用，届时只需微调即可。
本计算机中已有三个名叫储存于facstation g3 \bd applications \cellquest folder\imm-instrsettings及facstation g3 \bd files \instrument settings files\calibfile和mast-cell-set的参数文件，前二者可用于分析人白细胞，后者用于分析小鼠肥大细胞。