九寨沟自然保护区内有108个高山湖泊，它们大部分成群分布，面积大小不同，小的半亩，大的千亩以上。一条沟有如此之多的高山湖泊，这在全国、全世界也找不到第二条。九寨沟有许多天池，其中最大的长达7公里，天池的四周覆盖着郁郁葱葱的原始森林。九寨沟大型瀑布有17处，为九寨沟诺日朗瀑布。保护区内最大的湖泊为长海子，它由此向南达7公里。
保护区森林覆盖率超过80%，藤本植物有38种，名贵中药有冬虫夏草、雪莲、雪茶、川贝母、天麻等。国家.级保护植物有四川红杉、星叶草、三尖杉、白皮杉、麦吊云杉、领春木、连香树等。
保护区植被垂直分布：
（1）海拔2000米以下为耐旱灌丛带，沟口地带主要组成为羊蹄甲、扁桃、香茅与蒿类等喜阳耐旱种类，局部地块有油松发布，还有两种粗榧科的针叶树，它们是篦子三尖杉和中国粗榧，是中国亚热带树种；
（2）海拔2000～2500米为松栎林，为油松、辽东栎混交林，混生有珍珠梅、刺楸、柳和悬钩子等；
（3）海拔2500～2800米为针阔叶混交林带，主要树种为油松、华山松、紫果云杉、粗枝云杉、五角枫、桦、槭等
（4）2800～3500米为寒温带针叶林带，主要树种为岷江冷杉、粗枝云杉、鳞皮云杉、紫果云杉、红桦等，林下灌木以紫箭竹占优势；
（5）3500米以上为高山灌丛草甸带，由于坡陡土瘠，植被发育不良。
（6）谷底、漫水滩上分布着以南坪青杨和柳类为主的水生灌丛，浅水湖区为芦苇类与挺水植物。
海拔2800米以上，分布大片的箭竹。